MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Rickettsia rhipicephali str. 3-7-female6-CWPP plasmid pMCC_1

Total Repeats: 410

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017055	TAA	2	6	16	21	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017055	ACAG	2	8	41	48	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
3	NC_017055	ACA	2	6	60	65	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_017055	ATGATC	2	12	129	140	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_017055	TAA	2	6	151	156	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017055	CTT	2	6	174	179	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_017055	AGAA	2	8	192	199	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017055	AGA	2	6	244	249	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017055	TAA	2	6	250	255	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017055	TTA	2	6	258	263	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017055	ATG	2	6	291	296	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017055	TCT	2	6	337	342	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_017055	AT	3	6	345	350	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017055	TAA	2	6	354	359	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017055	A	6	6	374	379	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017055	CAA	2	6	395	400	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_017055	TAA	2	6	415	420	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017055	CCT	2	6	470	475	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
19	NC_017055	TA	3	6	495	500	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017055	A	6	6	517	522	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017055	TAT	2	6	526	531	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017055	TA	3	6	545	550	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017055	TTC	2	6	583	588	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_017055	AT	3	6	593	598	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017055	GAA	2	6	605	610	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017055	A	6	6	617	622	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017055	TTC	2	6	673	678	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_017055	GTT	2	6	702	707	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017055	AAGA	2	8	716	723	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017055	TTG	2	6	777	782	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017055	AT	3	6	798	803	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017055	TA	3	6	921	926	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017055	CTT	2	6	964	969	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_017055	GCGA	2	8	992	999	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
35	NC_017055	ACA	2	6	1028	1033	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_017055	AGA	3	9	1143	1151	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017055	CAA	2	6	1219	1224	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_017055	AGCG	2	8	1265	1272	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
39	NC_017055	AGC	2	6	1293	1298	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_017055	TTA	2	6	1324	1329	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017055	AGG	2	6	1335	1340	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017055	AGA	2	6	1342	1347	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017055	GGA	2	6	1351	1356	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017055	GAAA	2	8	1367	1374	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017055	GA	3	6	1378	1383	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017055	GAA	2	6	1385	1390	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017055	GGA	2	6	1469	1474	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017055	TATCA	2	10	1505	1514	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_017055	GAA	2	6	1565	1570	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017055	GTA	2	6	1571	1576	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017055	CAA	2	6	1620	1625	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_017055	TAA	2	6	1648	1653	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017055	AG	3	6	1698	1703	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017055	A	6	6	1723	1728	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017055	TCC	2	6	1780	1785	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
56	NC_017055	A	7	7	1788	1794	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017055	AAG	2	6	1800	1805	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017055	TAA	2	6	1818	1823	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017055	A	6	6	1825	1830	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017055	AGCA	2	8	1891	1898	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
61	NC_017055	AGT	2	6	1899	1904	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017055	AG	3	6	1929	1934	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017055	ATC	2	6	1943	1948	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_017055	GAT	2	6	1982	1987	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017055	AAAG	2	8	2043	2050	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017055	TCA	2	6	2095	2100	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_017055	ATA	2	6	2104	2109	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017055	GAA	2	6	2122	2127	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017055	CAT	2	6	2138	2143	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_017055	TATG	2	8	2330	2337	25 %	50 %	25 %	0 %	381356296
71	NC_017055	TTAT	2	8	2356	2363	25 %	75 %	0 %	0 %	381356296
72	NC_017055	ATC	2	6	2460	2465	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
73	NC_017055	ATCCCA	2	12	2475	2486	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	381356296
74	NC_017055	TTC	2	6	2508	2513	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381356296
75	NC_017055	TAT	2	6	2525	2530	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
76	NC_017055	CAT	2	6	2612	2617	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
77	NC_017055	AAT	2	6	2618	2623	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
78	NC_017055	ATT	2	6	2754	2759	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
79	NC_017055	TAAGAT	2	12	2810	2821	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	381356296
80	NC_017055	TCA	2	6	2849	2854	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
81	NC_017055	TTC	2	6	2856	2861	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381356296
82	NC_017055	TCA	2	6	2881	2886	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
83	NC_017055	AAAT	2	8	2891	2898	75 %	25 %	0 %	0 %	381356296
84	NC_017055	TAA	2	6	2906	2911	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
85	NC_017055	T	7	7	2923	2929	0 %	100 %	0 %	0 %	381356296
86	NC_017055	TCT	2	6	2937	2942	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381356296
87	NC_017055	ACT	2	6	2964	2969	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
88	NC_017055	TGT	2	6	2978	2983	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381356296
89	NC_017055	TAT	2	6	2987	2992	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
90	NC_017055	TGCAAA	2	12	2995	3006	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	381356296
91	NC_017055	AAT	2	6	3022	3027	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
92	NC_017055	TAC	2	6	3035	3040	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
93	NC_017055	TGT	2	6	3047	3052	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381356296
94	NC_017055	TAT	2	6	3056	3061	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
95	NC_017055	TGCAAA	2	12	3064	3075	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	381356296
96	NC_017055	AAT	2	6	3091	3096	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
97	NC_017055	TAC	2	6	3104	3109	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
98	NC_017055	TGT	2	6	3116	3121	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381356296
99	NC_017055	TAT	2	6	3125	3130	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
100	NC_017055	TGCAAA	2	12	3133	3144	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	381356296
101	NC_017055	AAT	2	6	3160	3165	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
102	NC_017055	TAC	2	6	3173	3178	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
103	NC_017055	TGT	2	6	3185	3190	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381356296
104	NC_017055	TAT	2	6	3194	3199	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
105	NC_017055	TGCAAA	2	12	3202	3213	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	381356296
106	NC_017055	AAT	2	6	3229	3234	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
107	NC_017055	TAC	2	6	3242	3247	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
108	NC_017055	TGT	2	6	3254	3259	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381356296
109	NC_017055	TAT	2	6	3263	3268	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
110	NC_017055	TGCAAA	2	12	3271	3282	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	381356296
111	NC_017055	AAT	2	6	3298	3303	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
112	NC_017055	TAC	2	6	3311	3316	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
113	NC_017055	TGT	2	6	3323	3328	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381356296
114	NC_017055	TAT	2	6	3332	3337	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
115	NC_017055	TGCAAA	2	12	3340	3351	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	381356296
116	NC_017055	AAT	2	6	3367	3372	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
117	NC_017055	TAC	2	6	3380	3385	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
118	NC_017055	TGT	2	6	3392	3397	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381356296
119	NC_017055	TAT	2	6	3401	3406	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
120	NC_017055	TGCAAA	2	12	3409	3420	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	381356296
121	NC_017055	AAT	2	6	3436	3441	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
122	NC_017055	T	6	6	3447	3452	0 %	100 %	0 %	0 %	381356296
123	NC_017055	TAATTT	2	12	3474	3485	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
124	NC_017055	CTA	2	6	3499	3504	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
125	NC_017055	GGA	2	6	3505	3510	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	381356296
126	NC_017055	ATT	2	6	3525	3530	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
127	NC_017055	TAATT	2	10	3568	3577	40 %	60 %	0 %	0 %	381356296
128	NC_017055	GTA	2	6	3607	3612	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381356296
129	NC_017055	TA	3	6	3630	3635	50 %	50 %	0 %	0 %	381356296
130	NC_017055	ATG	2	6	3651	3656	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381356296
131	NC_017055	TTA	2	6	3676	3681	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
132	NC_017055	T	6	6	3701	3706	0 %	100 %	0 %	0 %	381356296
133	NC_017055	AG	3	6	3720	3725	50 %	0 %	50 %	0 %	381356296
134	NC_017055	GAT	2	6	3736	3741	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381356296
135	NC_017055	TAT	2	6	3794	3799	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
136	NC_017055	AACT	2	8	3800	3807	50 %	25 %	0 %	25 %	381356296
137	NC_017055	CTT	2	6	3810	3815	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381356296
138	NC_017055	TA	3	6	3912	3917	50 %	50 %	0 %	0 %	381356296
139	NC_017055	T	6	6	3947	3952	0 %	100 %	0 %	0 %	381356296
140	NC_017055	ATA	2	6	3984	3989	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
141	NC_017055	GATA	2	8	4004	4011	50 %	25 %	25 %	0 %	381356296
142	NC_017055	TA	3	6	4010	4015	50 %	50 %	0 %	0 %	381356296
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283	NC_017055	TTA	2	6	9866	9871	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
284	NC_017055	G	6	6	9883	9888	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
285	NC_017055	AGT	2	6	9944	9949	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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287	NC_017055	TTA	2	6	10030	10035	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
288	NC_017055	ATC	2	6	10085	10090	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356303
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410	NC_017055	A	6	6	14982	14987	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.